北京科技大学本科生团队在Nature communications发表论文
近日，北京科技大学化学与生物工程学院生物信息学与调控网络本科生研究团队
杜宏武教授及其合作者
在《Nature communications》上发表文章。杜宏武教授研究成果介绍
单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA测序（RNA-seq）是探索细胞异质性、发育分化和疾病机制的重要技术。由于测序平台的技术限制以及酶解过程造成的细胞丢失，某些细胞类型在单细胞测序中有时会被遗漏，例如足细胞、中间祖细胞、神经元等。针对该问题目前已有一些解卷积算法提供了有益尝试，但仍然需要更多的算法研究以共同解决测序中的“遗漏”细胞问题。
近日，杜宏武教授团队提出了“BulkTrajBlend”算法，这是一种专门用于解决测序数据中“遗漏”细胞问题的新算法。BulkTrajBlend采用基于beta-变分自编码器和图神经网络的算法，从整体RNA测序中解卷单细胞数据，帮助在重建的单细胞景观中识别“遗漏”细胞，并用于增强单细胞的轨迹推断。
此外，杜宏武教授团队还设计实现了“OmicVerse”框架，这是世界范围内首个基于Python完成Bulk RNA测序和单细胞RNA测序全分析任务的框架。该框架统一了不同算法的输入输出，统一了数据的标准化范式，并且规范了40+不同算法的分析流程，提供了一个用户友好的API接口。同时，该框架还提供了具有一定艺术表现力的可视化结果输出，为我国单细胞RNA测序的规范有序发展提供了新策略。
北京科技大学化学与生物工程学院2022级博士研究生曾泽华、清华大学生物医药与健康工程研究院2022级硕士研究生马雨晴、西湖大学生命科学学院2023级博士研究生胡磊为论文的共同第一作者（以上三名同学均在北京科技大学取得本科学位）。此外，除第一作者和通讯作者外，本文其他作者均为北京科技大学在校本科生。
该工作得到了科学技术部、北京科技大学本科生科研创新项目（SRTP）联合资助。
页:
[1]