|
|
2026 年 5 月 6 日,复旦大学与广州医科大学联合团队在《Nature》发表论文 《Steric hindrance of antibody binding in an Omicron spike fusion intermediate》。研究聚焦奥密克戎对靶向 S2′ 螺旋抗体的逃逸机制。
但是,论文上线仅1天,PubPeer 上就对文章的多个图片中的数据提出质疑。
文章本身做了很多的内容(假病毒中和、细胞结合、蛋白酶切割、冷冻电镜结构分析,以及真实病毒中和实验),试图从结构和功能两个层面解释整个机制链条。部分核心结论Figure 1 主要支撑“奥密克戎对这类抗体存在更强空间位阻”,Figure 4 则直接指向核心结论——H655Y 是导致逃逸的重要突变。
数据重复问题根据Pubpeer的评论,质疑的内容主要集中在 Figure 1、Figure 4 以及 Extended Data Figure 9 对应的 source data。评论者指出,这些图的源数据中存在多组高高精度数值在不同位置(非相邻单元格)完全重复 的情况。图 1b-e(奥密克戎对抗体中和敏感性下降)
数值 84.522813:在 C4、B7、D8 处重复。数值 85.765403:在 D4、B6、D7 处重复。数值 68.365585:在 C8、C9 处重复。
图 1f(支撑抗体尺寸影响中和效果)
数值 30.45851:在 AA21、AB21、Y22、AA23 四个位置重复出现。数值 87.49766:在 B16、J17、E18 处重复。数值 89.13481:在 B17、I17、B18 处重复。
图 4b 及扩展图 9(支撑核心逃逸机制结论)
数值 82.6187475719876:在 F40、E41、F41 三个位置重复。数值 24.52701:在 K9、L10、K12 三个非相邻位置完全一致。
评论者认为,如果这些数据他们是对应的是独立的生物学或病毒学实验测量,那么这种高精度重复就很难简单用正常实验波动来解释。更重要的是,这些图表是直接关联论文的核心论点(Figure1和Figure4)。因此,评论者要求作者应提供原始仪器输出文件、完整板图、归一化公式和曲线拟合文件,以便把图中的数据点追溯到最初的实验测量值。
实验设计问题
另外,文章内对实验重复的描述也有点问题,文章图注中多处写到 “two or three biological replicates”,也有 “representative of two/three experiments” 的表述;而配套的 Nature reporting summary 中又写到 “For each data, three biological replicates were included”。因此,除了重复数值本身,文章内实验究竟是如何设置重复实验的,以及不同图中的数据到底对应多少次独立实验,也需要进一步澄清。
当然“质疑”≠“学术不端”,因为在一些实验流程中,表格中的数字可能是归一化结果、拟合输出,不一定就是最原始读数。所以,需要看后续作者如何回应,以及相关原始数据的公开情况。 |
|